BLOSUM矩阵 - BLOSUM Matrix

BLOSUM矩阵一定义BLOSUM矩阵BLOcks SUbstitution Matrix即模块替换矩阵是一种在生物信息学中用于蛋白质序列分析的矩阵它反映了氨基酸残基之间的替换概率二原理它是基于对一系列局部比对块blocks的分析构建而成统计在这些比对块中氨基酸替换的频率根据替换频率计算出每个氨基酸替换另一个氨基酸的得分例如如果两个氨基酸在进化过程中经常相互替换那么它们在矩阵中的替换得分就相对较高三应用1. 序列比对在进行蛋白质序列比对时利用BLOSUM矩阵可以计算出序列中每一对氨基酸的比对得分从而找到最优的比对方式确定序列间的相似性和同源性2. 蛋白质结构预测帮助预测蛋白质的二级和三级结构通过分析序列间的相似性结合已知结构的蛋白质信息推测未知结构蛋白质的结构四不同版本有多种版本的BLOSUM矩阵如BLOSUM45BLOSUM62等数字表示构建矩阵时所使用的序列相似度阈值例如BLOSUM62基于62%相似度的序列构建适用于大多数一般情况下的序列分析而BLOSUM45则适用于相似度较低的序列分析