cytoscape画相关性网络图

微生物研究必备: Cytoscape 绘制 网络图 是什么？

答：原标题：微生物研究必备： Cytoscape 绘制 网络图 (一) Cytoscape 是一个专用于 互作网络数据 可视化的软件。 在微生物研究领域，通过对不同样本间的物种丰度信息进行 相关性分析 ，可以获得物种在环境样本中的共存在关系，得到物种在同一环境下的相 互作 用的情况，进一步解释样本间表型差异的形成机制。

如何在Cytoscape中展示数据？

答：在Cytoscape中，点和线的颜色、粗细都可以赋值，点击相应的参数，赋予你想要展示的数据即可。 点/线排列形式：在Cytoscape中，所有的点都是可以自己手动拖动的，当数据量很大时，非常辛苦。 因此，软件有自动排布功能，点击“layout”就可以看到，自动排布形式主要有：矩形排布、圆形排布、层级排布，每一种都有适用范围，如果展示基因相互关系建议用圆形排布，点一下试试就知道。 Tips：选择数据点后（手动选择结合下面要说到的筛选选择），再点击排布，就可以把杂乱无章的图，变得整齐且能说明问题，如下图所示。 Cytoscape的数据挖掘主要是用到“筛选”工具。

Cytoscape是什么软件？

答：一、 Cytoscape ——简介 Cytoscape 是一个专注于开源 网络 可视化和 分析 的软件。 它的核心是提供基础的功能布局和查询 网络 ，并依据基本的 数据 的结合成可视化 网络 。

如何在Cytoscape中赋值？

答：参数赋值：比如，想要用圈的大小表示基因的连通性大小、圈的颜色表示基因的表达量高低、线的粗细表示权重值的大小等，都可以通过给各个区域赋值达成。 在Cytoscape中，点和线的颜色、粗细都可以赋值，点击相应的参数，赋予你想要展示的数据即可。 点/线排列形式：在Cytoscape中，所有的点都是可以自己手动拖动的，当数据量很大时，非常辛苦。